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最高人民法院《關于審理民事案件適用訴訟時效制度若干問題的規定》號第五條規定“當事人約定分期履行同一債務的,訴訟時效期間從最后一次履行期限屆滿之日起計算”,現規定。適用該法律規定的前提是,分期償還的債務應當是同一債務。在這種情況下,如果以工程質量保證金作為最后一筆工程款開始計算訴訟時效,則質量保證金與工程款應具有相同性質。但根據建設部、財政部制定的《關于審理民事案件適用訴訟時效制度若干問題的規定》規定,建設工程質量押金是指建設工程合同中發包人與承包商約定從應付工程款中預留的確保承包商在缺陷責任期內修復建設工程缺陷的資金。因此,雖然保證金是從工程款中預留的,但質量保證金是根據工程是否存在缺陷以及在約定的缺陷責任期內缺陷的大小來確定是否返還保證金或者返還比例的,即保證金具有保證工程質量的功能。保證金的發放也是根據工程質量是否存在缺陷而定,而工程款不具備擔保功能。其發行是根據已完成項目的規模而定,兩種付款的性質并不相同。由于工程款和質量保證金的性質不同,訴訟時效的起始時間也不同。