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一、自然人股東向企業提供貸款服務取得的利息收入：一是要繳納增值稅。自然人股東向企業提供的借款視為貸款服務，其收取的利息收入應根據貸款服務繳納增值稅。自然人股東按照小規模納稅人政策繳納增值稅。利息收入需繳納3%的稅率。目前的政策是減按1%的稅率繳納增值稅。二是附加稅費。其他稅費包括城市建設稅、教育費附加、地方教育費附加。附加費按照實際繳納的增值稅額計算。以城市地區為例，城市建設稅為7%，教育費附加為3%，地方教育費附加為2%。總稅率為12%。目前政策：附加稅費可享受50%的折扣。如果增值稅享受免征政策，附加稅也為0。第三是個人所得稅。自然人股東借款取得的利息收入，按照“利息、股息、紅利收入”繳納個人所得稅。適用稅率為20%。應納個人所得稅=不含稅利息收入20%，由納稅單位代扣代繳。
其次，自然人股東與被投資企業是關聯方，企業向自然人股東支付的利息，除了需要發票外，還必須同時滿足兩個條件才允許在計算時扣除應納稅所得額：一是必須滿足債權投資與股權投資比例的要求，債權投資與股權投資的比例不得超過2：1。債權投資是指股東向公司提供的借款，股權投資是指股東向公司投入的實收資本；二是滿足利率要求。不得超過按照金融企業同期同類貸款利率計算的利息支出。“同期同類貸款利率”是指金融企業在貸款期限、貸款金額、貸款擔保、企業信譽等條件基本相同的情況下提供的貸款利率。在企業選擇方面，只要是省內的金融企業，利率可以是該金融企業同期公布的同類型平均利率，也可以是實際貸款利率由金融企業向特定企業提供。滿足上述兩個條件計算的利息部分，允許稅前扣除。超出部分不得在稅前扣除。在計算應納稅所得額時，需要以會計利潤為基礎進行納稅調整。
例如：自然人股東A向其投資的A公司提供貸款500萬元。A對A公司的股權投資額為200萬元。貸款協議規定的貸款利率為12%。同期金融機構同類貸款利率為8%。A公司多少利息費用可以稅前扣除？根據債股比要求，允許計算的貸款為2002=400萬元。根據利率要求，利率為8%。允許稅前扣除的利息費用為：4008%=32萬元。A公司賬面確認的財務費用為：%=60萬元。A公司計算應納稅所得額時，需增加金額28萬元（60萬元-32萬元）。
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