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2009年2月，A公司將廠房轉讓給B廠，其中已核證房屋1646平方米，未核證房屋2600平方米。約定成交價為850萬，所有轉讓及更名費用均由買方B廠承擔。當天，雙方簽訂《陰陽合同》，轉讓價為290萬元，用于轉移和繳納稅款。國信評估公司受A公司委托，出具了房地產評估報告。評估時轉讓房產的參考價格為437萬，其中2600平方米未確認的建筑物及配套設施評估價為6萬元。隨后，B廠代A公司繳納土地增值稅等稅費110萬余元。
2013年9月，Y稅務局接到實名舉報，稱上述轉讓行為隱瞞價格、逃稅漏費，遂立案調查。2015年1月4日，Y稅務局作出《稅務處理決定書》號決定，要求A公司繳納補繳稅款及滯納金共計433萬元。其中，決定書第二條第七項要求追繳土地增值稅209萬元。B廠不滿要求繳納土地增值稅209萬元。，并申請了相應的行政復議和行政訴訟。關于B廠的復議期限和審查資格，經過多次審查和訴訟，法院最終認定B廠符合審查資格，且沒有超過審查期限。
根據土地增值稅相關法律法規，土地增值稅實行累進累進稅率。收入金額為雙方約定的不含價值的價格，舊房的扣除金額為評估價。這里的評估價是重置成本價乘以新品折扣率，即重置價格。B廠認為，以6萬元評估《2009國信評估報告》的2600平方米未確認房屋及配套設施明顯不妥，請求法院重新評估。
一審判決：
駁回原告B廠的訴訟請求。
原告B廠不服判決，提起上訴。
二審判決：
1、撤銷一審判決；
2、撤銷《稅務處理決定書》號，由Y稅務局自本判決生效之日起60日內重新核發《稅務處理決定書》號。
1.允許轉讓的范圍。
《土地增值稅暫行條例》第二條規定轉讓國有土地使用權、地上建筑物及其附著物取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅人。其《實施細則》第4條規定，“《條例》第二條所稱的地面建筑物，是指所有建在地面上的建筑物。可見，所謂“轉讓房地產”《條例》既包括經認證的房地產，也包括經認證的房地產。房屋還包括“未確認的建筑物”。
2、轉讓價格和評估價格是兩個概念。
轉讓價格是交易雙方在市場流通過程中確定的價格。至于這里的評估價，根據《土地增值稅暫行條例》第六條，計算增值額的扣除項目為：舊房屋、建筑物的評估價，以及《土地增值稅暫行條例實施細則》第七條第項，舊房屋、建筑物的評估價。房屋和建筑物的評估價格，是指經政府批準的房地產評估機構評估的二手房屋、建筑物轉讓時的重置成本價乘以新品折扣率。可見，所謂建筑物的估價，并不是對其轉讓價值的評估，而是對其“重置成本乘以成新率”的評估。“重置成本”與能否轉移沒有必然聯系。
二審法院采納了上訴人的意見，認為舊房轉讓的土地增值稅抵扣是重置價，與是否取得房產證沒有必然關系。稅務局Y使用《稅務處理決定書》作為納稅確定的依據。本報告由A公司單方面委托國信評估公司完成。評估報告包括對一套未確認面積約2600平方米的房屋及配套設施的評估。只有6萬元，估價明顯不合理，因此《2009國信評估報告》不能作為納稅判定的依據。
從公開渠道可查詢的信息來看，整個案件從2009年2月簽訂房屋轉讓“陰陽合同”到2019年12月本案二審判決，歷時近11年，無論后續發展為《2009國信評估報告》。因稅務問題，雙方經歷了多輪復議和訴訟，雙方責任人也因逃稅被判刑。B廠法定代表人吳某的情人也因為本案其他訴訟提供便利罪，被判處有期徒刑一年零六個月。用吳的話說，他們身心俱疲，愿意繳納所有應繳納的稅款、滯納金和罰款，以盡快結束這場糾紛。企業和個人在經營過程中應注意防范稅務風險，不應因一時的收益而給自己埋下難以承受的重大風險。
稅收是每個企業都會面臨的問題。稅務風險不同于一般民事風險。它可以使企業家破產或將他們投入監獄。需要企業高度重視！
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